Magda Jakubowska jest wiceprezesem Fundacji Res Publica, organizacji macierzystej Visegrad Insight i Europe Future Forum. Na tym stanowisku jest odpowiedzialna za prognozowanie strategiczne i planowanie programów, współpracę instytucjonalną i rozwój strategiczny, patrząc na UE i sprawy transatlantyckie przez pryzmat bezpieczeństwa demokratycznego. Jeden z jej sztandarowych projektów dotyczy wzmacniania pozycji kobiet w bezpieczeństwie (#WomenAreNATO). Wcześniej Magda Jakubowska pracowała w Centrum Analiz Polityki Europejskiej (CEPA) i Polskim Instytucie Spraw Międzynarodowych.